上海市隧道工程轨道交通设计研究院成立于1965年，是从事隧道与地下工程、轨道交通、给排水、道路、桥梁、规划、建筑、装饰、智能化系统、环保、勘察和测量等专业的甲级勘察、设计及甲级咨询资质的单位，1999年获国家外经贸部对外经营权，是上海申通地铁集团有限公司子公司。先后荣获了“全国五一劳动奖章”、“上海市金杯公司”、“上海市文明单位”、“建设部创新企业”、“上海市质量金奖”、“全国实施卓越绩效模式先进企业”等荣誉称号，通过了“上海市高新技术企业”的评定，是 “全国知识产权试点单位”，2004年成为国家发展和改革委员会批准可以担任全国城市轨道交通项目评估的三个咨询单位之一。并在上海市城建行业率先通过ISO9001质量保证体系认证，并于2006年获得质量、环境和职业健康安全整合型管理体系认证证书。
    五十年来，院先后完成了上海黄浦江下绝大多数已建的和在建的越江隧道、上海地区穿越长江隧道的设计与研究工作，以及南京玄武湖隧道、宁波常洪隧道、杭州湖滨隧道、无锡蠡湖隧道、南京九华山隧道、苏州独墅湖隧道、沈阳五爱隧道、港珠澳大桥主体工程岛隧工程等其它省市大量隧道工程的设计、研究及咨询工作。
    同时参与了上海轨道交通已建的、在建的所有轨道交通线的设计研究工作，并承担了上海轨道交通一、二、四、五、六、八、十、十二号线等项目的总体设计与主要设计工作，还参与了深圳、南京、武汉、北京、天津、广州、哈尔滨、重庆、杭州、苏州、常州、南昌、福州、合肥等20余个城市的轨道交通总体设计、分项设计、研究、设计监理或咨询工作。
    五十年来，我院先后承担了包括国家“863”计划在内的多项国家级重点工程科研项目，荣获了包括国家质量金质奖、银质奖、全国设计金奖在内的上百项国际、国家、部委、市、局的各类奖项。
    其中，我院于2013年荣获国际咨询工程师联合会（FIDIC）“菲迪克百年咨询工程师奖（1913~2013）”提名。我院承担设计的上海长江隧道工程于2012年荣获国际隧道与地下空间协会（ITA-AITES）颁“2012年度国际隧道奖（超10亿美元级）”并于2013年荣获国际咨询工程师联合会（FIDIC）颁“菲迪克百年工程项目奖（1913~2013）”。
    我院填补了我国水底建造道路隧道的空白，开创了我国城市轨道交通的先河，在隧道与轨道交通等重大工程中创造了多项“中国第一”和“世界水平”，并拥有众多的专利技术。